Stoljećima ga posjećuju vjernici svih vjeroispovijesti, moleći za zdravlje, pomoć i zagovor, a upravo su brojna svjedočanstva o ozdravljenjima ovom svetištu priskrbila naziv „bh Lourdes“.
Prema podacima iz kronika podmilačke župe, od 1959. do 1973. godine zabilježena su čak 42 slučaja ozdravljenja. Franjevci pritom ističu kako su mnoga druga svjedočanstva ostala nezapisana te se prenose usmenom predajom među hodočasnicima.
Jedna od rijetkih osoba koju povijesni zapisi navode imenom jest Stevanija Pejić rođena Čupalović iz Krupe. Fra Ignacije Strukić krajem 19. stoljeća zabilježio je njezino ozdravljenje nakon molitve i hodočašća u Podmilačje, a taj se slučaj i danas spominje među najstarijim zapisanim svjedočanstvima vezanim uz svetište.
Kroz desetljeća su se među vjernicima posebno proširile priče o nepokretnima koji su prohodali, teško bolesnima koji su ozdravili te osobama koje su pronašle duševni mir nakon godina patnje. U jednom razgovoru za Hrvatsku katoličku mrežu iznesene su tvrdnje da kronike bilježe i slučajeve ozdravljenja slijepih osoba te druga izvanredna svjedočanstva koja vjernici pripisuju zagovoru sv. Ivana Krstitelja.
Posebno mjesto u povijesti Podmilačja imaju osobe s duševnim tegobama. Još 1925. godine zapisano je kako je svetište poznato kao mjesto na kojem mnogi traže oslobođenje od duhovnih i psihičkih patnji. Fra Josip Markušić kasnije je zapisao da se kod sv. Ive događaju obraćenja, pomirenja i duhovne promjene koje su za mnoge jednako veliko čudo kao i tjelesno ozdravljenje.
Glas o čudesima proširio se daleko izvan granica katoličke zajednice. Još u 19. stoljeću fra Antun Knežević zapisao je da u Podmilačje dolaze katolici, pravoslavci i muslimani, uvjereni da se upravo ondje mogu isprositi posebne milosti. Neki su kao relikvije nosili kamenčiće i djeliće materijala sa stare crkve, vjerujući u njihovu ljekovitost.
I danas, na blagdan Rođenja sv. Ivana Krstitelja, u Podmilačje dolaze deseci tisuća hodočasnika, mnogi pješice i bosonogi, noseći svoje zavjete i molitve. Bez obzira na to promatraju li se priče o ozdravljenjima kao čuda ili kao snaga vjere, činjenica je da Podmilačje već stoljećima ostaje jedno od najposebnijih mjesta nade i molitve u Bosni i Hercegovini.
